在苏联空军,首批L-39C飞机于1975年在切尔尼гов高等军事航空飞行学校的第105训练航空团开始服役。很快,L-39C便成为苏联空军数量最多的飞机之一(共接收2080架)。该飞机逐渐“俄化”,不再被视为外国机型。其编号中的拉丁字母“L”立即被替换为俄文的“Л”,而表明改型的字母“C”则完全被省略,因为苏联仅使用一种改型。此外,L-39的正式名称“信天翁”几乎未被使用,更常见的称呼是其俚语昵称“艾尔卡”(Элка)。
L-39被广泛装备于苏联的大多数飞行学校,包括:卡钦、切尔尼戈夫、哈尔科夫、阿尔马维尔、巴尔瑙尔、叶伊斯克、鲍里索格列布斯克、坦波夫和克拉斯诺达尔。这些学校主要培养前线战斗机航空团、防空部队、战斗轰炸机和前线轰炸机部队的飞行员。此外,一些L-39教练机还在强击航空团中服役,承担苏-25飞行员的训练任务。
除此之外,L-39还被用于作战训练与飞行员再培训中心、苏联宇航员培训中心的独立训练试验航空团,以及空军总司令科研试验研究所的多个单位。少量“艾尔卡”被移交至航空俱乐部和DOSAAF(苏联志愿社会国防援助组织)培训中心。苏联军方以外,L-39也服役于航空工业部飞行研究院(位于莫斯科州茹科夫斯基),并用于试飞员学校。此外,“信天翁”曾多次被用作飞行实验室及伴飞机,以支持新型航空技术的试验工作。
如今,L-39C仍在全球30多个国家服役,并依旧是私人飞行员中最受欢迎的喷气式飞机之一。在俄列什科沃机场,仍然有几架L-39在飞行。